Selon les sources les plus fiables, l'origine du whisky serait liée à l'histoire des premiers moines chrétiens d'Egypte venus s'installer, pendant les premiers siècles de notre ère, en Irlande. Ils sont arrivés avec tout leur équipement servant à préparer des potions et des distillats d'infusions d'herbes et de fleurs. L'art de la distillation leur avait été transmis par les Arabes, habitués à utiliser l'alambic pour confectionner des aromates, des potions médicales et certaines produits de beauté comme le khôl, un fard servant à souligner l'éclat du regard (les mots alambic et khôl sont d'ailleurs à l'origine du mot alcool). La légende, cependant, veut que l'on doive la diffusion à une large échelle du whisky en particulier à saint Patrick, un missionnaire écossais débarqué en Irlande. La technique de la distillation semble avoir atteint l'Ecosse vers le XIVème siècle. Ce n'est toutefois qu'au milieu du XVIIIème siècle qu'une distinction fut établie entre les eaux-de-vie parfumées aux herbes et aux épices avec celles produites à partir du malt.

Jusqu'au XVIème siècle, l'histoire du whisky écossais est inconnue. La distillation relevait du domaine privé et était principalement l'ouvre des moines. Les propriétés médicinales de cette boisson restaient prédominantes. En 1505, le monopole de la distillation du whisky a été accordé à la Guilde des chirurgiens-barbiers d'Edimbourg pour des motifs médicaux. L'édit royal a cependant été peu pris en considération. En effet, la distillation était devenue très répandue dans les Highlands et de très nombreux distillateurs ont basculé alors dans l'illégalité. Devant l'anarchie qui régnait en Ecosse, le roi Charles II, en 1660, a eu l'idée de taxer les whiskies afin de réguler le marché et de surtout permettre de nouvelles entrées d'argent dans les caisses de l'Etat. La taxe n'était applicable que pour la production écossaise. Cette mesure ne contribua pas à enrayer la distillation de l'alcool clandestin. Au contraire, agir de la sorte était devenu pour les Ecossais un élément important de leur insoumission à la couronne anglaise. La lutte avec les agents du fisc, soutenus par l'armée, fut violente et épique pendant de très nombreuses années. Ce n'est qu'en 1823 qu'une loi plus équitable fixa, dans tout le royaume, une taxe calculée en fonction de la quantité d'alcool distillé. Cette taxe incita les fabricants pourvus d'autorisation à consolider leur industrie et à éliminer la production clandestine.

Avec l'invention dans les années 1800 d'un nouveau type d'alambic qui permettait la distillation en continu de toutes sortes de céréales, la mise au point de whiskies blended (mélange de whisky de mal produit traditionnellement et de whisky de grain produit en quantité avec ce nouveau procédé) remporta un grand succès auprès du public. Ce succès fut d'autant plus important pour l'industrie écossaise que les produits irlandais se faisaient de plus en plus rares sur le marché (la guerre d'indépendance irlandaise et mise en place de barrières douanières par l'Angleterre freinèrent les exportations) et qu'une épidémie de phylloxéra a ravagé en 1880 le vignoble français. Le cognac n'étant plus disponible, les Anglais se tournèrent vers le whisky.

Le succès définitif du whisky remonte à l'abolition de la prohibition en 1933 aux USA (les fabricants écossais étaient déjà connus sur le marché américain grâce à leur grande activité pendant toute la durée de la prohibition) et à la forte impulsion donnée par le gouvernement anglais à cette industrie à la fin de la deuxième guerre mondiale.

De nos jours, le whisky représente un secteur très florissant de l'industrie écossaise et permet à plusieurs dizaines de milliers de personnes d'avoir un travail.